依據國家法規，在專業的PCR實驗（比如臨床PCR檢驗實驗室）室通常需要做到四區隔離（或至少是三區隔離）的要求。 
    一般常見的三區指的是： 
1、試劑配制區：PCR反應體系的配制區域。 
2、標本處理區：包括擴增模板的制備，也就是我們常常提取DNA的地方；3、PCR擴增和產物分析區：進行PCR擴增的區域，也是擴增產物進行凝膠電泳分析的區域。 

    如果將PCR擴增區域和產物分析區細分，那就是典型的四區隔離了。四區隔離，主要目的是防止氣溶膠在各個PCR區域之間的流動，為了避免互相污染，可以針對不同區域設置正負壓的方法： 
1.試劑配制區（Ⅰ區）：最潔凈的區域，保持微正壓使得外界空氣無法進入隔離污染源。并且陰性模板應該在此區加入PCR管并蓋蓋，嚴禁在此區域打開、存放裝有DNA模板的離心管；
2.DNA模板添加區（Ⅱ區）：保持微負壓，保證內部空氣不外泄，以免陽性模板的氣溶膠對外界環境造成污染。
3.擴增及PCR產物分析區（Ⅲ區）：保持微負壓，使得內部空氣不外泄，以免擴增產物的氣溶膠對外界環境造成污染。
    在進入PCR實驗室，需要在操作時遵循Ⅰ區→Ⅱ區→Ⅲ區單一方向進行，不可逆向進行。 不然可能會產生氣溶膠污染，出現假陽性結果!所以PCR實驗室在投入使用之前，首先要經過國家授權的檢測機構的檢測，并且取得PCR實驗室檢測合格報告，然后徹底消毒以后，才能正常使用。